百日咳的治疗选择需结合病情阶段和个体差异，急性期控制症状建议优先使用西药，恢复期调理体质可配合中药。百日咳是由百日咳杆菌引起的呼吸道传染病，中医称顿咳，西医以抗生素和对症药物为主，中医则以宣肺化痰、扶正祛邪为原则。
西药在百日咳早期应用可快速抑制细菌繁殖，缩短传染期。常用红霉素、阿奇霉素等大环内酯类抗生素，能有效杀灭百日咳杆菌。对于痉挛性咳嗽，可配合使用镇咳药如右美沙芬，痰液黏稠时可用氨溴索等祛痰药。重症患儿出现呼吸困难时，需及时住院进行吸氧等支持治疗。西医治疗周期明确，疗效评估直观，适合急性期症状控制。
中医将百日咳分为初咳期、痉咳期和恢复期，不同阶段用药各异。初咳期常用桑菊饮加减疏风宣肺，痉咳期多用麻杏石甘汤加减止咳平喘，恢复期常用沙参麦冬汤益气养阴。中药复方具有多靶点调节作用，如杏仁、枇杷叶能镇咳化痰，百部、白前可抗菌消炎，黄芪、太子参能增强免疫力。对于西药治疗后的迁延性咳嗽，中药调理能显著改善体质。
临床实践显示，中西医结合治疗百日咳具有协同效应。急性期以西药控制感染为主，配合中药雾化缓解气道痉挛；恢复期以中药调理为主，辅以益生菌恢复肠道菌群。特别对儿童患者，中药外敷穴位可减轻咳嗽发作，如用白芥子粉敷贴天突、膻中穴。但需注意部分中药与抗生素存在相互作用，如含鞣质的中药可能影响抗生素吸收。
婴幼儿百日咳建议首选西医规范治疗，因中药汤剂服用困难且剂量难控。孕妇患者应避免使用含麻黄、杏仁等可能影响胎儿的中药。老年患者体质虚弱，可早中期配合玉屏风散等扶正固表。过敏体质者需谨慎使用虫类中药如地龙、僵蚕。中西医结合治疗时，建议间隔2小时服药以避免相互影响。
无论采用何种治疗方式，百日咳患者都应保持空气流通，避免冷空气和烟雾刺激。饮食宜清淡，可食用川贝炖梨、罗汉果茶等食疗方。恢复期适当练习八段锦呼吸操有助于肺功能康复。接种百白破疫苗是最有效的预防手段，中药玉屏风颗粒作为预防用药可提高呼吸道免疫力。
百日咳患者治疗期间应保持充足休息，卧室保持适宜温湿度。饮食推荐百合粥、银耳羹等润肺食物，忌食辛辣刺激及生冷油腻。咳嗽发作时可采用拍背排痰法，婴幼儿需家长掌握正确的拍背手法。治疗过程中需密切观察呼吸频率和面色变化，出现口唇青紫或呼吸暂停应立即就医。痊愈后建议进行三个月的中药体质调理，定期复查胸片和肺功能。
