鸢尾作为观赏植物和药用植物，具有美化环境和辅助治疗的作用，但部分品种可能引起过敏或误食中毒。
鸢尾根茎提取物在传统医学中用于消炎镇痛，其含有的鸢尾黄酮类化合物有助于缓解关节疼痛。德国鸢尾等品种的挥发油成分对呼吸道炎症有辅助改善作用，常被制成熏香使用。作为观赏植物，鸢尾花能释放挥发性芳香物质，帮助舒缓紧张情绪。其根系发达的品种可防止水土流失，在生态修复中具有应用价值。部分鸢尾品种花瓣可制作天然染料，用于食品和纺织品着色。
鸢尾全株含有鸢尾苷等有毒成分，误食可能导致恶心呕吐等中毒反应，需警惕儿童宠物误食。其花粉可能诱发过敏性鼻炎，花粉季应避免近距离接触开花植株。部分人接触汁液会出现接触性皮炎，园艺操作时建议佩戴手套。荷兰鸢尾等球根品种含有草酸钙结晶，皮肤接触可能引起刺痒红肿。作为入侵物种的某些鸢尾品种会破坏本地植物生态平衡。
种植鸢尾应选择通风良好的环境，避免在卧室等密闭空间摆放开花植株。药用需在中医师指导下使用，禁止自行采挖野生品种服用。接触植株后出现皮肤发红或呼吸不畅时，应立即用清水冲洗并就医。园艺栽培时注意定期分株防止根系腐烂，开花后及时修剪残花减少养分消耗。过敏体质者赏花时应保持距离，必要时提前服用抗组胺药物预防过敏反应。
