中药木瓜具有舒筋活络、和胃化湿、消食生津等功效，主要用于治疗湿痹拘挛、脚气水肿、吐泻转筋、消化不良等症状。
木瓜中的齐墩果酸和皂苷类成分能缓解肌肉痉挛，改善风湿痹痛引起的关节僵硬和活动受限。对于腓肠肌痉挛或运动后肌肉酸痛，可用木瓜配伍牛膝、独活等药材煎服。木瓜蛋白酶还可促进局部血液循环，辅助治疗跌打损伤后的瘀血肿痛。
木瓜所含有机酸能刺激消化液分泌，对湿阻中焦导致的脘腹胀满、食欲不振有效。常与厚朴、苍术同用，改善暑湿季节出现的恶心呕吐。其挥发油成分还可抑制胃肠道异常发酵，减轻因饮食不节引起的嗳气酸腐症状。
木瓜蛋白酶能分解蛋白质，帮助消化肉类食物积滞。对于胃阴不足导致的口干舌燥，木瓜与麦冬、石斛配伍可促进津液生成。鲜木瓜直接食用对酒后烦渴、胃热嘈杂有缓解作用，但胃酸过多者应慎用。
木瓜中的绿原酸和维生素C具有抗氧化作用，可减轻筋膜炎或肌腱炎的局部红肿热痛。外敷木瓜提取物对蚊虫叮咬或轻度烫伤有收敛效果。慢性湿疹患者可用木瓜皮煎汤外洗，配合白鲜皮增强止痒功效。
木瓜多糖能激活巨噬细胞功能，增强呼吸道黏膜防御能力。对于反复感冒或慢性支气管炎患者，木瓜与黄芪配伍可改善体质。但木瓜蛋白酶可能引起过敏反应，过敏体质者初次使用需观察皮肤反应。
使用木瓜时需注意，胃溃疡活动期及孕妇忌用生木瓜，炮制品用量一般控制在10-15克。木瓜不宜与阿司匹林同服以免增加胃黏膜刺激。建议在中医师指导下根据体质配伍使用，湿热体质者可搭配薏苡仁，寒湿体质宜配伍干姜。日常可取木瓜片泡水代茶饮，或与粳米煮粥养护胃肠功能。
