藿香正气水和藿香正气胶囊的功效是相同的，区别在于剂型不同、药物起效时间不同、口感不同、辅料不同、适合人群不同，
藿香正气水属于液体制剂，比较容易消化吸收，起效的时间相对比较快；藿香正气胶囊属于固体制剂，外面有囊材包裹，进入胃后囊材崩解分解的过程相对慢一些。
藿香正气水比较难闻，服用的时候有可能会引起恶心呕吐等胃肠道反应；藿香正气胶囊比较容易服用，服用时口感相对比较好，而且携带很方便。
藿香正气水含有40~50%的酒精量，而藿香正气胶囊不含有酒精。在适合人群上有区别的，酒精过敏的人群不能服用藿香正气水，适合服用藿香正气胶囊。
服用藿香正气水不能与头孢菌素类的药物同时服用，否则有可能会引起双硫仑样反应，而引起恶心、呕吐、胸闷气短、呼吸困难等。
建议在医师的指导下服用上述的两种药物，不建议自行服药。
