肉苁蓉具有补肾壮阳、润肠通便的功效，适用于肾阳不足、肠燥便秘等症，但阴虚火旺者及腹泻患者禁用。
肉苁蓉归肾经，能温补命门之火，改善肾阳虚引起的腰膝酸软、畏寒肢冷、阳痿早泄等症状。其活性成分苯乙醇苷类物质可通过调节下丘脑-垂体-性腺轴功能促进性激素分泌。临床常配伍熟地黄、淫羊藿等药材治疗男性性功能障碍。
肉苁蓉富含膳食纤维和甜菜碱，能增加肠道内容物体积并润滑肠壁，适用于老年津枯便秘。其缓泻作用温和，不会引起肠道依赖性，常与当归、火麻仁同用治疗功能性便秘。
肉苁蓉多糖可激活巨噬细胞和T淋巴细胞，提升白细胞介素等细胞因子水平。动物实验表明其提取物能增强辐射损伤小鼠的免疫功能，但临床免疫调节作用尚需更多循证医学证据支持。
肉苁蓉中松果菊苷等苯乙醇苷成分可清除自由基，抑制脂质过氧化反应。体外研究显示其抗氧化能力优于维生素E，可能对延缓衰老有一定辅助作用，但需注意实际效果因人而异。
阴虚体质者服用可能加重潮热盗汗；急性肠炎患者使用会加剧腹泻；高血压患者需慎用以防血压波动。本品不宜与大黄等峻下药同用，孕妇及未成年人应在医师指导下使用。
使用肉苁蓉期间应避免辛辣刺激食物，保持规律作息。建议每日用量控制在6-15克，煎煮时间不少于60分钟以充分提取有效成分。出现口干舌燥、心悸等不适需立即停用并就诊。贮藏时需置阴凉干燥处防霉变，不建议长期连续使用超过3个月。
