腘窝囊肿若不治疗可能自行消退，也可能持续增大并引发关节活动受限或神经压迫。腘窝囊肿的处理方式主要有观察等待、穿刺抽液、药物注射、手术切除、中医外治法。
体积较小且无不适症状的腘窝囊肿可暂不干预。部分囊肿与膝关节滑液循环改善后可能自然吸收，期间需避免剧烈运动及长时间跪姿，定期复查超声观察变化。中医认为此类囊肿多属痰湿瘀阻，可通过热敷促进局部气血运行。
对于张力较高的囊肿，临床常采用无菌穿刺抽出囊液缓解胀痛。操作需在超声引导下进行以避开血管神经，抽液后可能联合注射透明质酸钠减少复发。但单纯抽液复发率较高，多作为临时缓解措施。
囊内注射糖皮质激素如复方倍他米松可抑制滑膜炎症，降低复发概率。需严格消毒避免感染，注射后可能出现短期皮肤色素沉着。配合口服滑膜炎颗粒等中成药可增强疗效，但糖尿病患者慎用激素类注射。
反复发作或压迫坐骨神经的囊肿需行关节镜下囊肿切除术，术中同步处理关节内病变如半月板损伤。开放手术适用于巨大囊肿，术后需支具固定防止膝关节过伸。中医认为术后用活血化瘀汤熏洗可加速创面恢复。
艾灸委中穴配合刺络拔罐能改善局部气血瘀滞，火针疗法对囊壁粘连型效果显著。中药外敷可用芒硝加黄柏粉调敷消肿，内服桂枝茯苓丸加减调理体质。推拿手法需避开囊肿部位，以防机械刺激导致囊壁破裂。
腘窝囊肿患者日常应控制体重减轻膝关节负荷，避免爬山爬楼梯等动作。饮食宜少食生冷油腻，适量食用薏苡仁、冬瓜等利湿食材。坚持直腿抬高锻炼增强股四头肌力量，睡眠时垫高小腿促进静脉回流。若出现下肢麻木或突发疼痛加剧，须立即就医排除静脉血栓等并发症。
