灵芝通常建议阴干，阴干能更好地保留其有效成分。灵芝的处理方式主要有阴干、晒干、烘干、真空冷冻干燥、微波干燥等。
阴干是将灵芝放置在通风良好、避免阳光直射的环境中自然干燥。这种方法能有效保留灵芝中的多糖、三萜类化合物等活性成分，避免高温和紫外线对药效的破坏。阴干过程中需定期翻动灵芝，确保干燥均匀，防止霉变。阴干后的灵芝质地柔软，色泽自然，适合长期保存。
晒干是将灵芝直接暴露在阳光下进行干燥。这种方法虽然操作简单，但阳光中的紫外线可能导致部分有效成分分解，降低药效。晒干后的灵芝质地较硬，色泽可能变浅。若必须晒干，建议选择清晨或傍晚阳光较弱时进行，并缩短晒制时间。
烘干是利用人工加热设备快速去除灵芝水分。温度控制在40-60摄氏度为宜，过高的温度会破坏活性成分。烘干效率高，适合大批量处理，但需注意湿度调节，避免外干内湿。烘干后的灵芝易于粉碎，适合制作粉末或提取物。
真空冷冻干燥是在低温低压环境下使水分升华，能最大限度保留灵芝的形态和药效。这种方法处理的灵芝复水性好，活性成分损失少，但设备成本高，多用于高端产品加工。真空冷冻干燥的灵芝质地疏松，色泽鲜艳，适合制作高档保健品。
微波干燥利用微波加热使水分蒸发，干燥速度快，能耗低。但微波可能引起局部过热，导致部分成分变性。这种方法适合小批量快速处理，需严格控制功率和时间。微波干燥的灵芝内外干燥均匀，但口感可能稍逊于传统方法。
灵芝干燥后应密封保存于阴凉干燥处，避免受潮和虫蛀。日常食用可切片泡水、煮汤或研末服用，建议咨询中医师根据体质搭配使用。灵芝不宜与辛辣刺激性食物同食，服用期间注意观察身体反应，过敏体质者慎用。保存良好的干燥灵芝可存放较长时间，但建议尽早使用以保证药效。
