板蓝根既具有抗病毒作用，也有一定消炎功效，其药理作用主要与抗病毒、抗菌、免疫调节、解热镇痛、凉血利咽等机制相关。
板蓝根中的靛玉红、靛蓝等成分能抑制流感病毒、疱疹病毒等复制，通过干扰病毒吸附宿主细胞和病毒蛋白合成发挥作用。临床常用于风热感冒初期，对病毒性上呼吸道感染有缓解症状效果。其抗病毒特性在体外实验中显示对甲型H1N1流感病毒具有抑制作用。
板蓝根多糖和有机酸成分可降低炎症因子如白细胞介素6的释放，减轻组织充血和渗出反应。对急性咽炎、扁桃体炎等细菌性感染引发的炎症有辅助改善作用，常与金银花等配伍使用增强效果。其消炎机制与抑制环氧化酶活性有关。
板蓝根能激活巨噬细胞和T细胞功能，提升血清干扰素水平，这种双向免疫调节作用既帮助清除病毒，又能控制过度炎症反应。对反复呼吸道感染患者可增强黏膜免疫防御能力。
通过下调前列腺素E2合成实现退热效果，对感冒发热伴随的头痛、肌肉酸痛有缓解作用。其水提取物在发热动物模型中显示出与阿司匹林相似的解热起效时间。
传统中医认为其性寒味苦，能清热毒、利咽喉，对热毒壅盛导致的咽喉肿痛、口舌生疮有对症缓解效果。现代研究证实其提取物可降低毛细血管通透性，减轻黏膜水肿。
使用板蓝根制剂时需辨证施治，风寒感冒患者不宜单独使用。长期大量服用可能引起胃肠不适，体质虚寒者应配伍温中药调和。出现持续高热或化脓性炎症时须及时就医，不可依赖单味药材治疗。日常预防可选用含板蓝根的代茶饮，但连续饮用不宜超过一周，避免苦寒伤胃。
