水蓼具有清热解毒、利湿止痒、散瘀消肿等功效，主要用于治疗痢疾、湿疹、跌打损伤等病症。水蓼的主要作用包括抑菌消炎、调节胃肠功能、促进血液循环等。
水蓼含有黄酮类、挥发油等活性成分，对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌有抑制作用。其煎剂外敷可缓解皮肤化脓性感染，内服有助于改善细菌性痢疾引起的腹痛腹泻。临床常用水蓼配伍黄连、黄柏等药材增强抗菌效果。
水蓼能抑制胃肠平滑肌痉挛，减轻急性胃肠炎导致的恶心呕吐症状。其鞣质成分可收敛肠黏膜，改善腹泻便溏。对于饮食不洁引起的轻症痢疾，可用鲜品捣汁服用或配伍马齿苋煎汤。
水蓼通过促进胆汁分泌帮助消退黄疸，对湿热型肝胆疾病伴随的皮肤发黄、小便短赤有效。常与茵陈、栀子同用增强利胆效果，但重度肝功能异常者需配合西医治疗。
水蓼的活血成分可改善局部微循环，新鲜全草捣烂外敷能缓解跌打损伤引起的淤血肿痛。对于轻度关节扭伤，可配合红花油外涂加强消肿作用，但皮肤破损处禁用。
水蓼煎剂熏洗对阴虱、疥螨等寄生虫感染引起的皮肤瘙痒有效，其挥发油成分能麻痹虫体。治疗湿疹时可配伍苦参、地肤子煎汤外洗，过敏体质者需先做皮肤测试。
使用水蓼时应注意孕妇慎用，脾胃虚寒者不宜长期服用。鲜品外用可能引起接触性皮炎，建议先小范围试用。治疗严重感染或外伤时，应及时就医配合抗生素或清创处理，不可单独依赖草药。日常保存需防潮避光，煎煮时间不宜超过20分钟以免有效成分分解。
