肠胃不适时生大蒜可能刺激黏膜，具体需分情况判断，急性炎症期禁用，寒性体质或功能性消化不良者可少量佐餐。
胃溃疡、急性肠炎发作期黏膜存在破损，生大蒜中大蒜素会直接刺激创面，加重疼痛和充血。此类情况需暂停生蒜，改用煮熟的蒜缓解刺激性，治疗以保护黏膜为主，如服用铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝混悬液，配合奥美拉唑抑制胃酸。
脾胃虚寒者常见腹胀冷痛，生大蒜性温可驱散中焦寒气。建议将1-2瓣生蒜切片后与姜片同食，或浸泡米醋制成糖蒜，既能减弱刺激性又可温中散寒。日常搭配干姜红枣茶效果更佳。
功能性消化不良者餐后嚼食生蒜瓣可促进胃酸分泌，增强消化酶活性。注意单次不超过3克，空腹时避免食用。可配合山楂麦芽茶消食，或按摩中脘穴、足三里穴改善蠕动功能。
大蒜素对有害菌抑制作用显著，但会同时杀伤益生菌。慢性腹泻患者建议选择发酵黑蒜，保留抗菌成分的同时减少刺激。需搭配双歧杆菌制剂调节菌群，如培菲康、整肠生等活菌补充剂。
部分人群对大蒜中硫化物过敏，食用后可能出现胃痉挛或皮疹。这类体质应彻底避免生蒜，烹饪时也需充分加热分解过敏原。可改用人参健脾丸等温和药材调理肠胃功能。
肠胃不适期间饮食宜清淡易消化，推荐小米南瓜粥、山药羹等养护黏膜的流食，避免辛辣油腻。每日顺时针按摩腹部100次促进肠蠕动，练习八段锦调理脾胃须单举式改善消化功能。症状持续超过3天或出现呕血黑便需立即就医。
