金匮肾气丸适用于肾阳虚证，但阴虚火旺者、湿热体质者、孕妇及儿童等特定人群不宜服用。
金匮肾气丸以温补肾阳为主，阴虚火旺者服用可能加重口干咽燥、潮热盗汗等症状。此类人群需滋阴降火，可选用知柏地黄丸或六味地黄丸。舌红少苔、脉细数者需经中医辨证后用药。
方中附子、肉桂等温热药材可能助长湿热，出现小便黄赤、舌苔黄腻者禁用。湿热体质建议先清热利湿，可用八正散或茵陈五苓散调理，待湿热消退后再考虑温补。
高热烦躁、面红目赤等实热表现者忌用，避免温补药物加重热象。急性炎症期如泌尿系感染、肺炎等需先清热解毒，可选用黄连解毒汤等方剂。
孕妇服用可能影响胎元，儿童脏腑娇嫩不宜温补。高血压患者需谨慎，附子可能引起血压波动。糖尿病患者合并阴虚症状时也需避免。
对组方中桂枝、附子等成分过敏者禁用。正在服用降糖药、强心苷类药物者需间隔2小时以上，防止药物相互作用。感冒期间暂停使用。
服用金匮肾气丸期间宜搭配黑豆、核桃等温性食物，避免绿豆、螃蟹等寒凉之品。适度练习八段锦两手攀足固肾腰动作，忌剧烈运动耗伤阳气。长期服用需每3个月复查肝肾功能，出现口舌生疮、鼻衄等上火症状应立即停用。具体用药需经中医师四诊合参，不可自行判断体质盲目进补。
