会厌囊肿通常不能单靠中医治疗达到消除目的，中医治疗多作为辅助手段改善咽喉不适症状。会厌囊肿的处理方式主要有生活调理、中药内服、中医外治、西医药物治疗、手术治疗。
会厌囊肿患者日常应戒烟酒，减少辛辣、过烫、过硬食物的摄入，避免反复刺激咽喉黏膜。适当多喝温水，保持咽喉湿润，进食时细嚼慢咽，减少异物摩擦囊肿的风险。若伴有反酸、烧心，应减少浓茶、咖啡、巧克力等可能诱发反流的食物，睡前不宜进食过饱。生活调理不能使囊肿消失，但有助于减轻咽部异物感、干痒等不适，并为后续治疗创造较好的局部条件。症状明显时仍应到耳鼻喉科就诊评估。
中医多将会厌囊肿归入喉痹、痰核等范畴，认为与痰湿凝聚、气滞血瘀有关，可在中医师辨证后使用半夏厚朴汤加减、二陈汤加减、会厌逐瘀汤加减等方剂化裁。此类方药的作用在于理气化痰、活血散结，帮助缓解咽部堵塞感、异物感、清嗓频繁等表现，但难以使已经形成的囊壁和囊液消失。服用中药需经中医师面诊后开具，不可自行长期服用，以免损伤脾胃或延误病情。
中医外治包括针灸、穴位贴敷、咽喉部雾化熏蒸、耳穴压豆等方式，常选廉泉、天突、合谷、列缺、照海等穴位，起到疏通经络、利咽散结的辅助作用。部分患者经外治后咽部紧迫感、干痒和异物感会有所减轻。外治同样不能去除囊肿本体，操作需由具备资质的医师完成，咽喉部操作尤应谨慎，避免刺激会厌引起呛咳或水肿。若外治后出现呼吸困难、吞咽疼痛加重，应立即停止并就医。
会厌囊肿合并感染时，可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片、阿奇霉素片等抗感染药物，也可配合布地奈德混悬液雾化吸入减轻局部水肿，咽痛明显者可短期使用对乙酰氨基酚片缓解症状。药物治疗针对的是感染和炎症，不能让囊肿消退，只能减轻继发的红肿疼痛。所有药物均应在医生指导下使用，不可自行购买服用，尤其是青霉素类、头孢类药物需确认无过敏史后使用。
囊肿较大、反复感染、引起明显吞咽梗阻或呼吸不畅时，手术是主要的根治方式，常见术式有支撑喉镜下会厌囊肿切除术、喉显微镜下二氧化碳激光切除术等。手术可完整切除囊壁，降低复发概率。术后需短期禁声、进流质或半流质饮食，避免剧烈咳嗽和用力清嗓。若出现吸气性呼吸困难、口唇发紫、无法平卧等表现，提示气道可能受阻，须尽快到耳鼻喉科或急诊就诊。
会厌囊肿患者日常应保持规律作息，避免熬夜和过度用嗓，饮食以温软清淡为主，可适量摄入鸡蛋羹、小米粥、蒸南瓜、清蒸鱼、香蕉等易吞咽且富含营养的食物，减少辣椒、烈酒、油炸食品和过硬坚果的摄入。戒烟并远离二手烟，雾霾天气外出可佩戴口罩，室内保持适宜湿度。伴有胃食管反流者睡前两小时不宜进食，睡觉时可适当垫高床头。中医治疗需在正规医疗机构由中医师辨证施治，不可轻信偏方或自行用药，若咽部异物感持续加重、吞咽困难或呼吸不畅，应及时到医院完善喉镜等检查，由医生判断是否需要手术。
