茅草根煮水饮用需辨证使用，过量或体质不合可能引发腹泻、低血糖等副作用。
茅草根性寒凉，脾胃虚弱者长期饮用易加重腹痛腹泻。建议配伍生姜3片或红枣5枚中和寒性，每周饮用不超过3次。出现便溏时立即停用，可用炒白术10克煎水调理。
所含多糖成分具有降糖作用，糖尿病患者联合降糖药可能引发头晕冷汗。监测血糖前提下每日饮用量控制在200ml以内，出现心慌时含服冰糖缓解。
少数体质敏感者接触草酸钙结晶可能引发皮肤瘙痒。初次饮用前用10克茅根煮水外敷手腕测试，出现红疹可用金银花30克煎汤外洗。
与利尿剂同服可能加剧电解质紊乱，高血压患者需间隔2小时服用。正在使用抗凝药物者应避免，因其含有的香豆素成分可能延长凝血时间。
污染区域采集的茅根可能重金属超标，建议选择硫磺熏蒸不超过3次的道地药材。煮前用盐水浸泡1小时，煮沸后撇去浮沫可减少杂质摄入。
饮用茅根水期间宜搭配小米山药粥养护脾胃，避免同时食用螃蟹等寒凉食物。每日配合八段锦"调理脾胃须单举"式练习，增强运化功能。孕妇及经期女性慎用，儿童用量减半。储存时注意防潮防霉，隔夜药液需重新煮沸。出现持续腹痛或皮疹应及时就医，中医辨证后可用四君子汤加减调理。
